Tuy nhiên, trong quá trình tổ chức thực hiện đã phát sinh một số bất cập, hoạt động thanh tra còn nặng về vụ việc phát hiện sai phạm kinh tế, còn ít kiến nghị góp phần hoàn thiện cơ chế, chính sách quản lý. Một số hoạt động thanh tra ngành, lĩnh vực còn mâu thuẫn, chồng chéo với thanh tra theo cấp hành chính và giữa các cơ quan quản lý ngành, lĩnh vực với nhau. Đặc biệt, còn có sự chồng chéo, trùng lặp giữa hoạt động thanh tra và hoạt động của các thiết chế khác, nhất là Kiểm toán Nhà nước.
Tại Điều 22, Luật Thanh tra năm 2010 quy định: Chánh Thanh tra tỉnh chủ trì xử lý việc chồng chéo về phạm vi, đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra giữa các Thanh tra sở, giữa Thanh tra sở với Thanh tra huyện; chủ trì phối hợp với Chánh Thanh tra bộ xử lý việc chồng chéo về phạm vi, đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra trên địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương;
Nhưng trên thực tế, Chánh Thanh tra thành phố chỉ chủ trì xử lý chồng chéo trong xây dựng kế hoạch thanh tra của các Sở, ngành, quận huyện thuộc phạm vi địa phương. Còn đối với Thanh tra bộ, ngành và nhất là Kiểm toán Nhà nước thì rất khó thực hiện vì không có cơ chế phối hợp trong xây dựng kế hoạch, dẫn đến còn tình trạng chồng chéo trong hoạt động thanh, kiểm tra tại địa phương. Các cơ quan thanh tra của địa phương rất bị động và gặp nhiều khó khăn trong xây dựng, tổ chức thực hiện kế hoạch thanh tra, hàng năm phải liên tục điều chỉnh kế hoạch để tránh chồng chéo, trùng lặp với hoạt động của kiểm toán nhà nước, thanh tra bộ ngành Trung ương. Điều này làm giảm hiệu lực, hiệu quả của công tác quản lý nhà nước đối với công tác thanh tra, gây khó khăn cho các cơ quan, tổ chức, đơn vị là đối tượng thanh tra.
Thiết nghĩ, trong thời gian tới, Thanh tra Chính phủ và các cơ quan chức năng cần nghiên cứu phân định rõ thẩm quyền giữa thanh tra các ngành; giữa thanh tra ngành và thanh tra cấp hành chính; giữa cơ quan thanh tra với các cơ quan có thẩm quyền khác trong việc thanh tra, kiểm tra; xây dựng cơ chế phối hợp để hoạt động thanh tra, kiểm tra có tính thống nhất, tránh tình trạng chồng chéo, trùng lặp như hiện nay.
Phòng Thanh tra 2